Improving the Reproducibility of LaTeX Documents by Enriching Figures with Embedded Scripts and Data

Author : Christian Thomas Jacobs

The introduction of open-access data policies by research councils, the enforcement of best practices, and the deployment of persistent online repositories have enabled datasets which support results in scientific papers to become more widely accessible.

Unfortunately, despite this advancement in the curation/publishing workflow, the data-driven figures within a paper often remain difficult to reproduce. Plotting or analysis scripts rarely accompany the manuscript or any associated software release; and even if they do, it may be unclear exactly which version was used.

Furthermore, the precise commands and parameters used to execute the scripts are often not included in a README file or in the paper itself. This paper introduces a new open-source digital curation tool, Pynea, for improving the reproducibility of LaTeX documents.

Each figure within a document is enriched by automatically embedding the plotting script and data files required to generate it, such that it can be regenerated by readers of the paper in the future.

The command used to execute the plotting script is also added to the figure’s metadata, along with details of the specific version of the script used (if the script is tracked with the Git version control system).

If the document is to be recompiled with a figure that has since changed, or had its plotting script or data files modified, the figure is regenerated such that the author can be confident that the latest version of the figure and its dependencies are included.

URL : Improving the Reproducibility of LaTeX Documents by Enriching Figures with Embedded Scripts and Data

DOI : https://doi.org/10.2218/ijdc.v14i1.656

Repenser les chaînes de publication par l’intégration des pratiques du développement logiciel

Auteurs/Authors : Antoine Fauchié, Thomas Parisot

La rencontre des univers du livre et du développement logiciel est à l’œuvre dans plusieurs expérimentations de chaînes éditoriales, faisant apparaître de nouvelles approches et de nouvelles pratiques de design.

Les étapes du processus d’édition sont réévaluées, repensées, re-conçues, notamment par l’avènement d’un environnement profondément numérique. Quelles sont les influences des méthodes et des outils du développement web sur les chaînes de publication des livres ?

Nous nous focaliserons ici sur quatre aspects : la modularité des étapes et outils d’édition, l’ouverture des formats, la réduction de la distance entre le contenu et ses usages et l’économie acquise qui concerne principalement l’humain.

Cet article constitue un bref panorama des efforts nécessaires pour envisager une évolution des chaînes d’édition, en sollicitant les pensées d’Ivan Illich et de Gilbert Simondon.

Nous interrogerons des systèmes innovants inspirés de l’agilité chère au monde du développement logiciel.

URL : https://antoinentl.gitlab.io/readme.book/

La Blockchain : une nouvelle infrastructure numérique pour l’édition ?

Auteur/Author : Camille Pichon

Au cours de cette étude, nous nous interrogerons sur la notion de blockchain et d’édition, nous nous interrogerons sur la possibilité que cette technologie puisse constituer une nouvelle infrastructure d’internet pour l’édition.

En mettant en lumière les grands principes de la technologie blockchain, nous nous interrogerons sur sa capacité à émerger dans un secteur culturel en pleine mutation.

A la fois complexe et très politisée, la technologie blockchain rentre peu à peu dans nos systèmes de pensées. La blockchain constituera-t-elle l’avenir du secteur éditorial ?

URL : La Blockchain : une nouvelle infrastructure numérique pour l’édition ?

Alternative location : https://www.enssib.fr/bibliotheque-numerique/notices/68580-la-blockchain-une-nouvelle-infrastructure-numerique-pour-l-edition

Vers un système modulaire de publication : éditer avec le numérique

Auteur/Author : Antoine Fauchié

Le domaine du livre, et plus particulièrement l’édition, connaît des mutations profondes au contact du numérique. Après des phases successives d’informatisation, l’une des manifestations les plus visibles de ces bouleversements est probablement l’ebook.

Si le livre numérique est une approche inédite de l’écrit tant dans sa diffusion que dans sa réception, il y a en filigrane des transformations plus essentielles dans la manière de faire des livres.

Des structures d’édition imaginent des nouvelles chaînes de publication originales et non conventionnelles pour générer des versions imprimée et numériques d’ouvrages et de documents, remplaçant les traditionnels traitements de texte et logiciels de publication par des méthodes et des technologies issues du développement web.

Ainsi un système modulaire de publication peut se substituer à des chaînes linéaires, repositionnant l’humain au cœur des machines ou des programmes.

À travers des commentaires de textes et des analyses de cas nous étudions les évolutions du livre avec un regard plus global sur notre rapport à la technique, et nous exposons les principes fondateurs d’un nouveau modèle.

URL : Vers un système modulaire de publication : éditer avec le numérique

Alternative location : https://memoire.quaternum.net/

Is It Such a Big Deal? On the Cost of Journal Use in the Digital Era

Authors : Fei Shu, Philippe Mongeon, Stefanie Haustein, Kyle Siler, Juan Pablo Alperin, Vincent Larivière

Commercial scholarly publishers promote and sell bundles of journals—known as big deals—that provide access to entire collections rather than individual journals. Following this new model, size of serial collections in academic libraries increased almost fivefold from 1986 to 2011.

Using data on library subscriptions and references made for a sample of North American universities, this study provides evidence that, while big deal bundles do decrease the mean price per subscribed journal, academic libraries receive less value for their investment.

We find that university researchers cite only a fraction of journals purchased by their libraries, that this fraction is decreasing, and that the cost per cited journal has increased.

These findings reveal how academic publishers use product differentiation and price strategies to increase sales and profits in the digital era, often at the expense of university and scientific stakeholders.

URL : Is It Such a Big Deal? On the Cost of Journal Use in the Digital Era

DOI : https://doi.org/10.5860/crl.79.6.785

Digital Publishing: A Home for Faculty in the Library — Exercises in Innovation from Harvard Law School

Authors : Claire DeMarco, Kyle Courtney

This article highlights specific examples of desire by faculty at Harvard Law School to push legal scholarship beyond the constraints of traditional commercial publishing. Harvard Law School Library, like any other academic library, is navigating the expansion of scholarly formats to the digital realm, as well as the demand by faculty to support new, and evolving, approaches to scholarship.

Analysis of these examples will focus on the unique role that the library has in stimulating, supporting, and sustaining, faculty publishing efforts, in addition to the challenges presented by the new, and potentially uncomfortable, proposition of library as a digital publisher.

URL : http://nrs.harvard.edu/urn-3:HUL.InstRepos:34864118

Edition et publication des contenus : regard transversal sur la transformation des modèles

Auteur/Author : Ghislaine Chartron

L’Internet a installé une transformation profonde des modèles d’édition et de publication des contenus inscrits, jusqu’alors, dans des filières bien identifiées : la presse, la littérature, la musique, l’édition de jeunesse, l’édition de recherche…

Le numérique a brouillé les frontières, déstabilisé les modèles en place, transformé en partie les pratiques des usagers. De multiples projets innovants ont émergé, plus ou moins plébiscités, plus ou moins pérennes notamment par leur modèle économique, une fois passé le temps des subventions.

Dans un premier temps nous rappelons les caractéristiques majeures du contexte au sein duquel évoluent ces offres : économie de l’Internet, évolutivité des technologies associées et des pratiques socio-numériques.

De façon transversale, nous identifierons de nouvelles propositions de valeurs liées au numérique. Nous nous intéresserons aux modalités de remontées des recettes, à leur hybridation, ainsi qu’à la stratégie déployée par les géants du web dans ce secteur et, conjointement, au renouvellement des régulations.

Enfin, au regard de la comparaison transversale engagée, la contribution s’attachera à proposer une typologie revisitée des modèles de publication.

URL : https://halshs.archives-ouvertes.fr/halshs-01522295