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Low availability of code in ecology: A call for urgent action

Posted on by Hans Dillaerts

Authors : Antica Culina, Ilona van den Berg, Simon Evans, Alfredo Sánchez-Tójar

Access to analytical code is essential for transparent and reproducible research. We review the state of code availability in ecology using a random sample of 346 nonmolecular articles published between 2015 and 2019 under mandatory or encouraged code-sharing policies.

Our results call for urgent action to increase code availability: only 27% of eligible articles were accompanied by code. In contrast, data were available for 79% of eligible articles, highlighting that code availability is an important limiting factor for computational reproducibility in ecology.

Although the percentage of ecological journals with mandatory or encouraged code-sharing policies has increased considerably, from 15% in 2015 to 75% in 2020, our results show that code-sharing policies are not adhered to by most authors.

We hope these results will encourage journals, institutions, funding agencies, and researchers to address this alarming situation.

URL : Low availability of code in ecology: A call for urgent action

DOI : https://doi.org/10.1371/journal.pbio.3000763

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Concevoir un living book en sciences humaines et sociales : retour d’expérience

Posted on by Hans Dillaerts

Auteurs/Authors : Martine Clouzot, Marie-José Gasse-Grandjean

Le living book, nouveau format venu des sciences de la vie, nous a permis de faire le point sur un sujet, de mettre en valeur un corpus d’images, une recherche avancée et une bibliographie. Ce format hybride, tourné vers le Web, fait une nouvelle place au producteur, à l’utilisateur et à la technique.

Dans un appareillage simple, sobre et rigoureux, il permet d’organiser une masse de documentation croissante et variée (textes, images, audio, sites Web). Il propose de nouvelles manières d’écrire (collaboration, textes courts, résumés) et de structurer les contenus.

Il favorise le travail en réseau et les contacts avec les bibliothèques et les musées, tout en attirant l’attention sur les formats, les licences et les droits. Il suggère des parcours de lecture personnalisés, touche des publics diversifiés. Nous souhaitons témoigner de cette expérimentation, car le living book est un dispositif éditorial et intellectuel hybride, collaboratif, créatif, agrégatif, accessible, ouvert, qui a modifié la production, la valorisation et diffusion de notre recherche.

URL : https://journals.openedition.org/revuehn/394

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Harmoniser les pratiques éditoriales numériques des revues françaises d’archéologie

Posted on by Hans Dillaerts

Auteurs/Authors : Stéphane Renault, Blandine Nouvel, Micaël Allainguillaume, Astrid Aschehoug, Nicolas Coquet, Marie-Adèle Turkovics

Cet article présente un projet d’harmonisation de la politique d’édition numérique de cinq revues d’archéologie qui s’inscrivent dans un contexte concernant une quarantaine de supports éditoriaux du domaine en France.

Mettant à profit des outils technologiques et documentaires disponibles pour l’édition, en archéologie et dans ses sciences connexes en particulier, ces revues ont décidé de faire évoluer leurs pratiques en adoptant une grammaire et un corpus de mots-clés communs et en expérimentant de nouveaux modèles interopérables de structuration et d’indexation de leurs contenus.

Elles sont ainsi imbriquées dans une chaîne de production scientifique qui mêle volontiers référencement des publications et des données. La visée est d’élargir et de faciliter l’accès à l’information scientifique.

URL : https://journals.openedition.org/revuehn/483

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Pour une théorie de l’éditorialisation

Posted on by Hans Dillaerts

Auteur/Author : Marcello Vitali-Rosati

Le fait numérique a été pensé et interprété pendant des dizaines d’années dans diverses perspectives disciplinaires : des media studies aux sciences de l’information et de la communication, en passant par la sociologie, la psychologie, les sciences politiques, etc. Cela n’est pas surprenant dès que l’on considère – avec Milad Doueihi – que le « numérique » peut être pensé comme un phénomène culturel au sens large, touchant à l’ensemble de nos vies et remettant en cause la totalité de nos catégories conceptuelles.

L’expression « humanités numériques » peut en quelque sorte servir à signifier cette universalité du fait numérique : il est question de ce que devient l’humanité à l’époque du numérique. La même universalité est ce qu’aspire à prendre en compte une approche philosophique : au-delà de toute spécificité disciplinaire, le questionnement philosophique vise à comprendre un phénomène ou un fait dans l’ensemble de ses implications.

Cet article a l’ambition de partir du concept d’éditorialisation pour proposer une théorie philosophique du monde à l’époque du numérique. Une philosophie, donc, non pas « du numérique », car l’objet de la philosophie ne peut qu’être universel, mais plutôt une philosophie « à l’époque du numérique ».

URL : https://journals.openedition.org/revuehn/371

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De l’interopérabilité à la réutilisabilité des éditions électroniques

Posted on by Hans Dillaerts

Auteurs/Authors : Ioana Galleron, Fatiha Idmhand

Si la qualité et la pertinence de l’édition scientifique numérique ont fait l’objet de plusieurs réflexions, sa « réutilisabilité » a été, jusqu’à présent, moins étudiée et pensée.

Cet article analyse les raisons pour lesquelles la prise en compte de cet aspect est toutefois incontournable, en dépit de la tension dans laquelle il entre avec la poursuite d’objectifs propres à l’équipe éditoriale.

Trois modes d’identification du point d’équilibre entre les besoins du ou des réalisateurs de l’édition et ses utilisateurs futurs sont évoqués : l’enquête préliminaire, le travail à partir d’une conceptualisation abstraite de l’activité scientifique et un mélange des deux.

Enfin, l’article offre un exemple de réflexion sur la réutilisabilité à partir des « scholarly primitives » de John Unsworth.

URL : https://journals.openedition.org/revuehn/350

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Building trust in preprints: recommendations for servers and other stakeholders

Posted on by Hans Dillaerts

Authors : Jeffrey Beck, Christine Ferguson, Kathryn Funk, Brooks Hanson, Melissa Harrison, Michele Ide-Smith, Rachael Lammey, Maria Levchenko, Alex Mendonça, Michael Parkin, Naomi Penfold, Nicole Pfeiffer, Jessica Polka, Iratxe Puebla, Oya Y Rieger, Martyn Rittman, Richard Sever, Sowmya Swaminathan

On January 20 and 21, 2020, ASAPbio, in collaboration with EMBL-EBI and Ithaka S+R, convened over 30 representatives from academia, preprint servers, publishers, funders, and standards, indexing and metadata infrastructure organisations at EMBL-EBI (Hinxton, UK) to develop a series of recommendations for best practices for posting and linking of preprints in the life sciences and ideally the broader research community.

We hope that these recommendations offer guidance for new preprint platforms and projects looking to enact best practices and ultimately serve to improve the experience of using preprints for all.

URL : Building trust in preprints: recommendations for servers and other stakeholders

DOI : https://doi.org/10.31219/osf.io/8dn4w

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The Adoption of Open Access Journals for Publishing Management Research: A Review of the Literature and the Experience of the University of the West Indies

Posted on by Hans Dillaerts

Authors : Haven Allahar, Ron Sookram

The article reviews the literature in the field of academic journal publishing highlighting the phenomenon of the recent entry of Internet-driven open access journals into a field dominated by the traditional subscription journals.

The article has a twofold purpose of gaining an understanding of the main features and characteristics of the open access journal system through a review of the literature; and assessing the extent of adoption of open access by researchers in the management discipline through a review of the management publications by the University of the West Indies (UWI) researchers.

A sequential exploratory strategy of two phases was used. The first phase focused on the collection of secondary data on journal publishing and the second involved reviewing the publishing record of the UWI with particular reference to management research.

The main finding is that open access was not fully embraced as a publishing outlet because of academic resistance derived from questions of acceptability, and the existence of a system that assigns greater recognition to the established subscription journals.

The article concludes that open access journals have grown in respectability and quality and are a good option for publishing management research by authors located in developing regions, provided the operational characteristics of this mode of publishing are understood and caution in journal selection is exercised.

URL : https://eric.ed.gov/?id=EJ1254820