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Vers une culture de la donnée en SHS : Une étude à l’Université de Lille

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Auteur/Author : Joachim Schöpfel

La science ouverte figure parmi les priorités de l’Etat français. Dans la continuité des chantiers engagés par le gouvernement français sur la transformation numérique de l’Etat et sa modernisation, le deuxième plan d’action national 2018-2020 “Pour une action publique transparente et collaborative” précise que la France « soutient la mise en œuvre des principes du gouvernement ouvert pour renforcer (…) l’accès aux matériaux et résultats de la recherche ».

Le plan national pour la science ouverte, présenté début juillet 2018, a confirmé cette ambition. L’objectif est que les données produites par la recherche publique soient progressivement structurées en conformité avec les principes FAIR, préservées et, quand cela est possible, ouvertes.

Notre étude “Vers une culture de la donnée en SHS” souhaite contribuer à la mise en œuvre de l’écosystème de la science ouverte sur le terrain d’un campus universitaire.

L’étude a été réalisée dans le cadre du projet structurant D4Humanities, avec un financement de la MESHS et du Conseil Régional Hauts-de-France, et elle fait suite à des travaux de recherche menés depuis 2013 par le laboratoire GERiiCO.

Conduite sous forme d’entretiens avec 51 chercheurs, doctorants, responsables de laboratoires, chefs de projets et ingénieurs en charge de données, l’étude poursuit trois objectifs :

  1. (Re)Mettre les enseignants-chercheurs au cœur de la mise en œuvre de l’écosystème de la science ouverte sur le campus, avec leurs besoins, priorités et interrogations.
  2. Identifier des opportunités et verrous pour une politique de données.
  3. Recommander dix actions à mettre en place pour développer la culture de données sur le campus.

Menée comme un audit sur un terrain particulier et dans le domaine des sciences humaines et sociales, l’étude a une portée pragmatique: dégager les éléments indispensables pour une politique cohérente de la production, gestion et réutilisation des données de la recherche sur un campus en sciences humaines et sociales, et contribuer ainsi à l’appropriation du concept de la science ouverte par une « mise en culture de la donnée, qui effectue une mise en sens d’usages disséminés et spécialisés de données ouvertes ».

Une première partie (« Constats préalables ») s’appuie sur deux études (Rennes 2, Lille 3) pour mieux cerner le concept de la donnée de recherche et son caractère de « longue traîne » ; cette partie synthétise les pratiques, motivations et attentes des enseignants-chercheurs dans ce domaine, en SHS.

Elle aborde également d’une manière générale la question des services et dispositifs de données. Une deuxième partie (« Observations ») décrit un paysage contrasté à partir des entretiens menés en 2017 et 2018 sur le campus SHS de l’Université de Lille.

Les besoins prioritaires des chercheurs sont la sécurité des données et systèmes, et la communication au sein des projets. L’image qui se dégage est un continuum de pratiques plus ou moins efficaces, formalisées et adéquates, avec une gouvernance parfois incertaine, au niveau des projets aussi bien qu’au niveau des structures.

Ces pratiques sont liées aux communautés disciplinaires mais plus encore, aux méthodes, équipements et thématiques scientifiques. La troisième partie (« Vers une culture de la donnée ») liste d’une manière succincte dix recommandations qui, ensemble, définissent un cadre de référence pour la mise en œuvre d’une politique de données sur un campus SHS :

  1. Mettre en place un pilotage scientifique
  2. Investir d’une manière ciblée
  3. Viser les projets, pas les laboratoires
  4. Utiliser les plans de gestion comme levier
  5. Apporter des réponses aux contraintes de sécurité
  6. Apporter des réponses aux besoins de communication
  7. Apporter des réponses aux besoins de curation
  8. Proposer plusieurs solutions pour la conservation des données
  9. Institutionnaliser le lien avec la TGIR Huma-Num
  10. Soutenir les bonnes pratiques

URL : Vers une culture de la donnée en SHS : Une étude à l’Université de Lille

Alternative location : https://hal.archives-ouvertes.fr/GERIICO/hal-01846849v1

Universalizing science: alternative indices to direct research

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Authors : Ari Melo Mariano, Maíra Rocha Santos

Measurement is a complicated but very necessary task. Many indices have been created in an effort to define the quality of knowledge produced but they have attracted strong criticism, having become synonymous with individualism, competition and mere productivity and, furthermore, they fail to head science towards addressing local demands or towards producing international knowledge by means of collaboration.

Institutions, countries, publishers, governments and authors have a latent need to create quality and productivity indices because they can serve as filters that influence far-reaching decision making and even decisions on the professional promotion of university teachers.

Even so, in the present-day context, the very creators of those indices admit that they were not designed for that purpose, given that different research areas, the age of the researcher, the country and the language spoken all have an influence on the index calculations.

Accordingly, this research sets out three indices designed to head science towards its universal objective by valuing collaboration and the dissemination of knowledge.

It is hoped that the proposed indices may provoke new discussions and the proposal of new, more assertive indicators for the analysis of scientific research quality.

URL : https://arxiv.org/abs/1807.07595

Annotation sémantique pour une interrogation experte des Bulletins de Santé du Végétal

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Auteurs/Authors : Catherine Roussey, Tayeb Ghorfi

Le corpus des Bulletins de Santé du Végétal est actuellement disponible sur le Web de données. Les annotations associées à chaque bulletin sont organisées par des propriétés issues du vocabulaire du Dublin Core. Ces annotations répondent à un besoin de recherche documentaire basé sur trois composants : régions françaises, période de publication et types de cultures.

Nous avons appliqué une des méthodes de construction d’ontologies de Neon pour faire évoluer le modèle d’annotation des bulletins. Ce modèle contient une ontologie des observations des parcelles et un modèle d’annotation liant le contenu textuel à une entité définie dans l’ontologie précédente. Ces nouveaux modèles répondent à des besoins d’information exprimés par les agronomes.

URL : https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01839545

Health Sciences Libraries Advancing Collaborative Clinical Research Data Management in Universities

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Authors : Tania P. Bardyn, Emily F. Patridge, Michael T. Moore, Jane J. Koh

Purpose

Medical libraries need to actively review their service models and explore partnerships with other campus entities to provide better-coordinated clinical research management services to faculty and researchers. TRAIL (Translational Research and Information Lab), a five-partner initiative at the University of Washington (UW), explores how best to leverage existing expertise and space to deliver clinical research data management (CRDM) services and emerging technology support to clinical researchers at UW and collaborating institutions in the Pacific Northwest.

Methods

The initiative offers 14 services and a technology-enhanced innovation lab located in the Health Sciences Library (HSL) to support the University of Washington clinical and research enterprise.

Sharing of staff and resources merges library and non-library workflows, better coordinating data and innovation services to clinical researchers. Librarians have adopted new roles in CRDM, such as providing user support and training for UW’s Research Electronic Data Capture (REDCap) instance.

Results

TRAIL staff are quickly adapting to changing workflows and shared services, including teaching classes on tools used to manage clinical research data. Researcher interest in TRAIL has sparked new collaborative initiatives and service offerings. Marketing and promotion will be important for raising researchers’ awareness of available services.

Conclusions

Medical librarians are developing new skills by supporting and teaching CRDM. Clinical and data librarians better understand the information needs of clinical and translational researchers by being involved in the earlier stages of the research cycle and identifying technologies that can improve healthcare outcomes.

At health sciences libraries, leveraging existing resources and bringing services together is central to how university medical librarians will operate in the future.

DOI : https://doi.org/10.7191/jeslib.2018.1130

What Can a Knowledge Complexity Approach Reveal About Big Data and Archival Practice?

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Author : Nicola Horsley

As one of the major technological concepts driving ICT development today, big data has been touted as offering new forms of analysis of research data. Its application has reached out across disciplines but some research sources and archival practices do not sit comfortably within the computational turn and this has sparked concerns that cultural heritage collections that cannot be structured, represented, or, indeed, digitised accordingly may be excluded and marginalised by this new paradigm.

This work-in-progress paper reports on the contribution of the KPLEX project’s knowledge complexity approach to understanding the relationship between big data and archival practice.

URL : https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01831129

Clinical Trial Participants’ Views of the Risks and Benefits of Data Sharing

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Authors : Michelle M. Mello, Van Lieou, Steven N. Goodman

Background

Sharing of participant-level clinical trial data has potential benefits, but concerns about potential harms to research participants have led some pharmaceutical sponsors and investigators to urge caution. Little is known about clinical trial participants’ perceptions of the risks of data sharing.

Methods

We conducted a structured survey of 771 current and recent participants from a diverse sample of clinical trials at three academic medical centers in the United States. Surveys were distributed by mail (350 completed surveys) and in clinic waiting rooms (421 completed surveys) (overall response rate, 79%).

Results

Less than 8% of respondents felt that the potential negative consequences of data sharing outweighed the benefits. A total of 93% were very or somewhat likely to allow their own data to be shared with university scientists, and 82% were very or somewhat likely to share with scientists in for-profit companies.

Willingness to share data did not vary appreciably with the purpose for which the data would be used, with the exception that fewer participants were willing to share their data for use in litigation.

The respondents’ greatest concerns were that data sharing might make others less willing to enroll in clinical trials (37% very or somewhat concerned), that data would be used for marketing purposes (34%), or that data could be stolen (30%). Less concern was expressed about discrimination (22%) and exploitation of data for profit (20%).

Conclusions

In our study, few clinical trial participants had strong concerns about the risks of data sharing. Provided that adequate security safeguards were in place, most participants were willing to share their data for a wide range of uses. (Funded by the Greenwall Foundation.)

URL : https://www.nejm.org/doi/full/10.1056/NEJMsa1713258

Data management and sharing in neuroimaging: Practices and perceptions of MRI researchers

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Authors : John A. Borghi, Ana E. Van Gulick

Neuroimaging methods such as magnetic resonance imaging (MRI) involve complex data collection and analysis protocols, which necessitate the establishment of good research data management (RDM). Despite efforts within the field to address issues related to rigor and reproducibility, information about the RDM-related practices and perceptions of neuroimaging researchers remains largely anecdotal.

To inform such efforts, we conducted an online survey of active MRI researchers that covered a range of RDM-related topics. Survey questions addressed the type(s) of data collected, tools used for data storage, organization, and analysis, and the degree to which practices are defined and standardized within a research group.

Our results demonstrate that neuroimaging data is acquired in multifarious forms, transformed and analyzed using a wide variety of software tools, and that RDM practices and perceptions vary considerably both within and between research groups, with trainees reporting less consistency than faculty.

Ratings of the maturity of RDM practices from ad-hoc to refined were relatively high during the data collection and analysis phases of a project and significantly lower during the data sharing phase.

Perceptions of emerging practices including open access publishing and preregistration were largely positive, but demonstrated little adoption into current practice.

URL : Data management and sharing in neuroimaging: Practices and perceptions of MRI researchers

DOI : https://doi.org/10.1371/journal.pone.0200562